1. ฝ่ายบริหารทั่วไป มีหน้าที่ควบคุมรับผิดชอบงานด้านธุรการ การเจ้าหน้าที่ บัญชีการเงินและพัสดุ จัดทำแผนงานและงบประมาณ ควบคุมครุภัณฑ์ในฐานะกองผู้ควบคุม ติดตามและรายงานผลการดำเนินงานของศูนย์สารสนเทศ รวมทั้งปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย

     2. ส่วนเทคโนโลยีสารสนเทศ แบ่งออกเป็น 3 กลุ่ม คือ

          2.1 กลุ่มงานเทคโนโลยีและเครือข่าย  มีหน้าที่รับผิดชอบในการจัดทำแผนแม่บทและแผนงานปฏิบัติด้านเทคโนโลยี สารสนเทศ รวมทั้งกำกับดูแลการมี การใช้ การซ่อมบำรุงรักษาเทคโนโลยีสารสนเทศหรือเครือข่ายของกรมชลประทาน ตลอดจนกำหนดมาตรฐานเทคโนโลยีสารสนเทศและเครือข่ายการเชื่อมโยง การเผยแพร่การแลกเปลี่ยนข้อมูลข่าวสารสารสนเทศทั้งภายในและภายนอกกรมชล ประทาน รวมทั้งปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย

          2.2 กลุ่มงานสารสนเทศเพื่อการบริหาร  มีหน้าที่รับผิดชอบในการกำหนดมาตรฐานโครงสร้างของระบบข้อมูลสารสนเทศเพื่อ การบริหารงานของกรมชลประทาน วางแผน วิเคราะห์ ออกแบบและกำกับทางวิชาการด้านสารสนเทศเพื่อการบริหาร จัดทำและหรือพัฒนาระบบสารสนเทศเพื่อการบริการของกรมชลประทาน รวมทั้งปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย

          2.3 กลุ่มงานสารสนเทศภูมิศาสตร์  มีหน้าที่รับผิดชอบในการกำหนดมาตรฐาน โครงสร้างของระบบข้อมูลสารสนเทศภูมิศาสตร์ของกรมชลประทาน วางแผน วิเคราะห์ ออกแบบ และกำกับทางวิชาการด้านสารสนเทศภูมิศาสตร์ จัดทำและหรือพัฒนาระบบสารสนเทศภูมิศาสตร์ของกรมชลประทาน รวมทั้งปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย

     3. ส่วนสื่อสารโทรคมนาคม  แบ่งออกเป็น 3 ฝ่าย 1 กลุ่ม คือ

          3.1 ฝ่ายติดตั้งและซ่อมบำรุง  มีหน้าที่รับผิดชอบในการวางแผน ควบคุม ติดตั้ง ซ่อมแซม บำรุงรักษาเครื่องมืออุปกรณ์สื่อสารของกรมชลประทาน รวมทั้งปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย

          3.2 ฝ่ายปฏิบัติการสื่อสาร  มีหน้าที่รับผิดชอบดำเนินการเกี่ยวกับใบอนุญาตให้มี - ให้ใช้วิทยุคมนาคม ควบคุมระบบสื่อสาร สถานีรับ - ส่งสัญญาณ ข้อมูล เสียงและภาพ ผ่านเครือข่ายสื่อสาร   รวมทั้งปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย

          3.3 ฝ่ายแผนข่ายและจัดสรรความถี่  มีหน้าที่รับผิดชอบในการกำหนดมาตรฐาน ระบบสื่อสาร แผนข่ายสื่อสาร สร้างข่ายระบบสื่อสาร รวมทั้งปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย

          3.4 กลุ่มงานโทรคมนาคม  มีหน้าที่รับผิดชอบในการกำหนดมาตรฐาน โครงสร้างระบบโทรคมนาคม จัดทำและพัฒนาระบบตรวจวัดและควบคุมระยะไกล ระบบเตือนภัย รวมทั้งปฏิบัติงานอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย